Pepe mengawali babak baru dalam perjalanan kariernya, setelah bergabung dengan dewan direksi lembaga Federasi Sepakbola Portugal, sebuah langkah yang membawanya dari lapangan hijau ke kerja institusional, menyusul keputusannya pensiun pada Agustus 2024 di usia 41 tahun, mengakhiri karier yang terbentang lebih dari dua dekade di level tertinggi.
Penunjukan mantan bek tersebut datang setelah namanya dikaitkan dengan kemungkinan bekerja dalam staf kepelatihan rekan senegaranya, Jose Mourinho, di Real Madrid, atau bergabung dengan tim kepelatihan timnas Portugal di bawah arahan Jorge Jesus. Namun kedua opsi itu tidak terwujud, sehingga Pepe memulai jalur baru dari dalam struktur administratif sepakbola di negaranya.
Pepe memiliki sejarah panjang bersama Real Madrid, klub yang dibelanya selama 10 musim antara 2007 dan 2017. Selama periode itu ia menjalani 334 pertandingan resmi dan meraih 14 gelar, yang paling menonjol adalah Liga Champions tiga kali dan LaLiga tiga kali, di samping dua gelar Copa del Rey, satu gelar Piala Dunia Antarklub, dua Piala Super Eropa, dan dua gelar Piala Super Spanyol.
Bek Portugal itu bergabung dengan Los Blancos dari Porto, lalu menjadi salah satu elemen paling menonjol di lini belakang dan membentuk duet kuat bersama pemain Spanyol, Sergio Ramos. Ia juga bermain di bawah arahan Mourinho selama tiga musim yang dijalani pelatih Portugal itu di Madrid.
Pepe dikenal dengan kecepatan, kekuatan fisik, serta kemampuannya membaca permainan dan melakukan intervensi di momen-momen krusial, meski ketegasannya dalam duel kerap memicu kontroversi.
Di level internasional, nama Pepe terkait dengan salah satu pencapaian terbesar dalam sejarah timnas Portugal, setelah ia berkontribusi dalam keberhasilan menjuarai Piala Eropa 2016, gelar besar pertama dalam sejarah negaranya, dan ia terpilih sebagai pemain terbaik di laga final melawan Prancis.
Ia terus membela timnas hingga Euro 2024, turnamen yang menyaksikannya mencatatkan rekor sebagai pemain tertua yang tampil dalam sebuah pertandingan di putaran final turnamen tersebut, pada usia 41 tahun dan 130 hari, saat menghadapi Prancis di babak perempat final.